Hay verbos que pueden ser seguidos de un verbo en indicativo o subjuntivo según el contexto. Las razones por esto pueden ser de muy diverso índole.

Después del verbo dire / decir se utiliza el indicativo, si solo se quiere contar lo que otra persona dijo, pero el subjuntivo, si se trata de una orden.

Il m' a dit qu' il ne pouvait pas venir. <=> Me dijo que no podía venir.
Dites-lui qu' il vienne demain. <=> Dígale que venga mañana.

Algunos verbos pueden describir un mero acto intelectual o una actitud emocional. En el caso de que describen una actitud emocional se usa el subjuntivo.

Je comprend très bien ce que tu dis. <=> Entiendo perfectamente lo que dices.
Je comprend qu' il ne soit pas venu. <=> Puedo comprender que no haya venido.


Más importante que esto es el hecho que muchos verbos que exigen el indicativo en una frase afirmativa, exigen el subjuntivo en una frase negativa.

Je pense qu' il vient. <=> Je ne pense pas qu' il vienne.
Pienso que va a venir. <=> No pienso que venga.

Y hay también casos en los cuales en la negación tanto el indicativo como el subjuntivo son posibles.

Je ne doute pas qu' il soit content. <=> No dudo que esté contento.
Je ne doute pas qu' il est content. <=> No dudo que está contento.